学院现设有基础数学研究所、应用数学研究所、概论率与数理统计研究所、学科教育研究所四个研究机构。同时学院拥有广西唯一的“广西应用数学院士工作站”，广西高校混合与缺失数据统计分析重点实验室，广西高校科学计算与智能信息处理重点实和1个广西高等学校高水平创新团。近年来科研成果令人瞩目，先后承担了包括国家自然科学基金项目、 广西科学研究与技术开发计划项、广西高等学校科研项目、广西高校科学技术研究重点项目和广西教育科学重点项目等一大批科研项目。教师每年发表论文50多篇，相当部分论文被国际权威检索系统收录。在计算数学、代数、图论、随机动力系统、应用统计、优化、控制论、数理金融等方面的科学研究处于国内先进水平，在国际上也有一定影响，先后有多项成果获省部级科技进步奖。学院成功举办了多次国内外大型学术会议，充分显示出学院具有的实力和国际影响力。